Согласно «Методическим рекомендациям по организации научно-исследовательской и научно-технической деятельности государственных природных заповедников и национальных парков», утв. приказом Федеральной службы по надзору в сфере природопользования от 18.06.2007 № 169, приоритетными направлениями фундаментальных научных исследований в заповедниках и национальных парках являются исследования в области экологии, биологии, почвоведения, физической географии и охраны окружающей природной среды, направленные на изучение закономерностей динамики природных и антропогенных процессов, оценки и прогноза экологической обстановки, разработки научных основ охраны природы, сохранения ландшафтного и биологического разнообразия, воспроизводства и рационального использования природных ресурсов и предотвращения ущерба природным комплексам и объектам ООПТ.
Приоритетными в области прикладных научных исследований в заповедниках и национальных парках являются:
- изучение экологии и проведение оценки состояния популяций редких видов растений и животных, ценных охотничье-промысловых видов животных, иных видов, имеющих существенную хозяйственную значимость;
- выявление неблагоприятных тенденций в динамике природных комплексов, определение их причин и прогноз их последствий;
- разработка и апробацию мер по сохранению и восстановлению природных и историко-культурных комплексов и объектов;
- научное обеспечение организации экологического просвещения, экологического туризма и рекреационного обслуживания посетителей.
Приоритетными направлениями научно-технической деятельности являются:
- осуществление комплексного экологического мониторинга природных сред ООПТ, включая абиотическую часть,
- составление аннотированных списков видов сосудистых растений, позвоночных животных, фоновых семейств доминирующих отрядов беспозвоночных животных с периодичностью не реже 1 раза в 10 лет;
- сбор данных о состоянии экосистем, находящихся под антропогенным воздействием (в том числе экскурсионно-туристической деятельности), а также слежение за состоянием популяций редких видов растений и животных, ценных охотничье-промысловых видов животных, иных видов, имеющих существенную хозяйственную или биологическую значимость;
- геоботаническое и иное тематическое картирование;
- создание и актуализация геоинформационных систем и ведение баз данных, полученных в ходе инвентаризации и мониторинга природных ресурсов, для использования при принятии решений в сфере управления ООПТ.